home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / faqs / faq / biology / guide.part3 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-07-25  |  29.6 KB  |  627 lines
  1. Subject: A Biologist's Guide to Internet Resources (3 of 6)
  2. Newsgroups: sci.bio,sci.answers,news.answers
  3. From: Una Smith <una@minerva.cis.yale.edu>
  4. Date: Thu, 11 Nov 1993 01:45:45 GMT
  5.  
  6. Archive-name: biology/guide/part3
  7. Last-modified: 10 November 1993
  8.  
  9.     
  10. -*- 3. Biological Information Archives
  11.  
  12.     Many archives are mentioned throughout this section and elsewhere in this
  13.     document.  The access methods available for each archive are presented in
  14.     section 3.5, List of Archives.
  15.  
  16.     A number of people have begun to organize the many free biological
  17.     information archives, databases and services on the Internet into
  18.     well-organized menus using gopher servers.  These include Don Gilbert's
  19.     IUBio service on ftp.bio.indiana.edu and Mike Cherry's collection on 
  20.     weeds.mgh.harvard.edu in the United States, Rob Harper's "Finnish EMBnet
  21.     BioBox" on gopher.csc.fi in Finland, and Reinhard Doelz's "Information
  22.     servers in biology (gopher based)" on gopher.embnet.unibas.ch in
  23.     Switzerland.
  24.  
  25.     Yanoff (1993) is an excellent list of unusual and useful Internet
  26.     services, a few of which are mentioned in this guide.  Services listed
  27.     include:  an on-line dictionary, weather maps, a general weather report
  28.     service, an archive of statistical programs and data sets, and various
  29.     computers allowing public telnet sessions so that people who have Internet
  30.     access but not Usenet can read and post Usenet articles. 
  31.  
  32.     Stern (1993) offers an extensive list of anonymous FTP archives offering
  33.     meteorological data.
  34.  
  35. ||  Reinhard Doelz's Biocomputing Survival Guide (Doelz 1993) covers basic
  36. ||  Unix and VMS commands and the GCG software.
  37.  
  38.  
  39. -*- 3.1. Bibliographies
  40.  
  41.     Many Internet archives have searchable bibliographic databases, complete
  42.     with abstracts.  Only a few are mentioned here. 
  43.  
  44.     A bibliography of 52,000 Drosophila research publications, dating from 
  45.     1684 through this year, is offered on ftp.bio.indiana.edu.
  46.  
  47.     The US Department of Energy (DOE) Climate Data bibliography and the NASA
  48.     Global Change Data Directory are archived on ridgisd.er.usgs.gov.  The
  49.     North American Benthological Society (NABS) offers a bibliography of
  50.     recent literature in benthic biology on gopher.nd.edu.  The Long-Term
  51.     Ecological Research (LTER) program has put a bibliographic database and
  52.     catalog of data sets on lternet.edu.  (The actual data is not available
  53.     on-line.)  Check gopher.genethon.fr for bibliographies of sequence
  54.     analysis and human genome research papers. 
  55.  
  56.     The U.S. Department of Agriculture (USDA) Extension Service offers the
  57.     Research Results Database (RRDB), containing brief summaries of recent
  58.     research from the USDA's Agricultural Research Service (ARS) and 
  59.     Economic Research Service (ERS), by e-mail.  For details, send the
  60.     e-mail message "send guide" to almanac@esusda.gov.  To receive notices
  61.     of new RRDB titles, send the message "subscribe usda.rrdb".
  62.  
  63.     The U.S. Environmental Protection Agency (EPA) National Library on-line
  64.     database can be accessed for bibliographic searches via anonymous telnet
  65.     to epaibm.rtpnc.epa.gov.  A collection of GIS-related bibliographies is
  66.     available on bastet.sbs.ohio-state.edu.
  67.  
  68.     Various Usenet newsgroups and mailing lists provide the tables of contents 
  69.     (TOCs) for current issues of a few journals of interest to biologists.
  70.     Tom Schneider distributes Unix AWK scripts for converting many of these
  71.     TOCs into BibTeX-style bibliography records:  these scripts are posted in
  72.     the Usenet newsgroup bionet.journals.note. 
  73.  
  74.     The journal TOCs available in bionet.journals.contents include:
  75.  
  76.     Anatomy and Embryology
  77.     Applied Microbiology and Biotechnology
  78.     Applied and Environmental Microbiology
  79.     Binary
  80.     Biotechniques
  81.     CABIOS
  82.     Cell and Tissue Research
  83.     Chromosoma
  84.     Current Genetics
  85.     EMBO Journal
  86.     Environmental Physiology
  87.     European Journal of Biochemistry
  88.     European Journal of Physiology
  89.     Experimental Brain Research
  90.     Histochemistry
  91.     Human Genetics
  92.     IEEE Engineering in Medicine and Biology
  93.     Immunogenetics
  94.     Journal of Bacteriology
  95.     Journal of Biological Chemistry
  96.     Journal of Comparative Physiology B: Biochemical, Systemic, and
  97.     The Journal of Membrane Biology
  98.     Journal of Molecular Evolution
  99.     Journal of Virology
  100.     MGG - Molecular and General Genetics
  101.     Mammalian Genome
  102.     Microbial Releases
  103.     Molecular Microbiology
  104.     Molecular and Cellular Biology
  105.     Nucleic Acids Research
  106.     Photosynthetica
  107.     Plant Cell Reports
  108.     Planta
  109.     Protein Science
  110.     Roux's Archives of Developmental Biology
  111.     Theoretical and Applied Genetics
  112.  
  113.     The CONSLINK listserver mailing list keeps a large bibliography of
  114.     conservation biology research papers on its archive (see section 2.4.2,
  115.     Archives, for instructions on accessing listserver archives).
  116.  
  117.     The American Physiological Society offers TOCs for the following 
  118.     journals via gopher on gopher.uth.tmc.edu (port 3300):
  119.  
  120.        Advances in Physiology Education
  121.        American Journal of Physiology (6 consolidated journals)
  122.        Journal of Applied Physiology
  123.        Journal of Neurophysiology
  124.        News in Physiological Sciences
  125.        Physiological Reviews
  126.        The Physiologist
  127.  
  128.     Other publishers supporting Internet access to information about their
  129.     publications include
  130.  
  131.         Publisher            Address            Access
  132.         -------------------------------------------------------------- 
  133.     Addison-Wesley            world.std.com        ftp
  134.     O'Reilly & Associates         gopher.ora.com        gopher
  135.     Kluwer Academic Publishers    world.std.com        ftp
  136.  
  137.  
  138. -*- 3.2. Directories 
  139.  
  140.     Searchable directories of scientists and research projects currently
  141.     funded by the U.S. National Institutes of Health (NIH), National Science
  142.     Foundation (NSF), Department of Agriculture (USDA), and genome researchers
  143.     funded by several other departments, together with several topical 
  144. ||  directories, are available via gopher on gopher.gdb.org.  Searches on
  145.     researcher name, location, and field of interest are supported.
  146.  
  147.     A directory of 2000+ people who read the bionet.* newsgroups is available
  148.     via gopher and anonymous FTP from net.bio.net;  you can add yourself to
  149.     the directory via gopher or e-mail (see instructions on the archive).  
  150.     A directory of researchers using Artificial Intelligence in Molecular
  151.     Biology (AIMB) is maintained at the National Library of Medicine.  To
  152.     be included, send e-mail to Larry Hunter, hunter@work.nlm.nih.gov.
  153.  
  154.     Several directories of ecologists and plant biologists are kept on
  155.     huh.harvard.edu, which is accessible via gopher and anonymous FTP.
  156.     A directory of tropical biologists is kept in the Ecology and Evolution
  157.     section of the gopher/anonymous FTP archive on sunsite.unc.edu.
  158.     Richard Thorington keeps a list of mammalogists who use e-mail.  To get
  159.     yourself on the list (required to receive copies of it), send e-mail to
  160.     mnhvz049@SIVM (via Bitnet) or mnhvz049@SIVM.si.edu.
  161.  
  162.  
  163. -*- 3.3. Software
  164.  
  165.     Several archives specializing in software for biologists are accessible
  166.     via gopher and anonymous FTP.  Some of these are listed in section 3.5,
  167.     List of Archives.  The first such archive in South America is the 
  168.     Brazilian Medical Informatics archive, ccsun.unicamp.br.  The IUBio
  169.     archive on ftp.bio.indiana.edu probably has the best collection in the
  170.     United States.  Botanists will appreciate the TAXACOM archive on
  171.     huh.harvard.edu.
  172.  
  173.     Also, wuarchive.wustl.edu has an excellent collection of educational
  174.     software, especially for teaching mathematics at the college and
  175.     university levels.  The National Center for Supercomputing Applications
  176.     has developed a collection of outstanding software tools for electronic
  177.     communications and image analysis, and makes it publicly available on
  178.     zaphod.ncsa.uiuc.edu.  Many of the latest add-on tools for the popular
  179.     LaTeX text formatting system are archived on sun.soe.clarkson.edu,
  180.     while sumex-aim.stanford.edu has a huge archive of Macintosh software,
  181.     and nic.ddn.mil keeps the important Internet RFC (Request for Comments)
  182.     documents.
  183.  
  184.     Jan-Peter Frahm has made available via e-mail "A Guide to Botanical 
  185.     Software for MS-DOS Computers".  The software is shareware or in the
  186.     public domain.  For a copy, write him at hh216fr@duc220.uni-duisburg.de.
  187.     Bionet.software is a good place to look for information about specific
  188.     software programs with applications to biology.  There are many Usenet
  189.     groups devoted to discussion of software, particularly freeware and
  190.     shareware.  The well-known, huge anonymous FTP repositories of software
  191.     are all mentioned in various published guides to the Internet (Kehoe 1992,
  192.     Krol 1992, Lane and Summerhill 1992, LaQuey and Ryer 1992, Tennant et al.
  193.     1993), and are part of the common knowledge of many Usenet newsgroups. 
  194.  
  195.  
  196. -*- 3.4. Data
  197.  
  198.     The wealth of data available on the Internet is staggering, but it is also
  199.     widely dispersed and often difficult to track down.  Rather than compile a
  200.     list of data sets and pointers to their locations, this guide gives a list
  201.     of locations with only a name or phrase to suggest what data may be found
  202.     there (see section 3.5, List of Archives).  Many Usenet FAQs (see section
  203.     4, Useful and Important FAQs) and other Internet documents mentioned in
  204.     this guide attempt to list available databases, but many more are known
  205.     only by word-of-mouth.  The Usenet newsgroup sci.answers (also a mailing
  206.     list;  see section 2.4.3, Gateways to Usenet) carries many lists that are
  207.     updated frequently.
  208.  
  209.  
  210. -*- 3.4.1. Repositories
  211.  
  212.     Various genome and other cooperative projects are now well established on
  213.     the Internet, with large, highly organized databases that support ever more
  214.     powerful and complex interactive or batch search queries.  Most now support
  215.     WAIS and gopher search access, and are listed in section 3.5, List of
  216.     Archives.  The future utility of these repositories depends on the donation
  217.     of data by individual researchers.  Questions, as well as data submissions
  218.     and corrections, can be sent to the relevant administrators via e-mail
  219.     (after Garavelli 1992):
  220.  
  221.     Database                Address of administrator
  222.     --------                ------------------------
  223.     AAtDB (Arabidopsis thaliana)    curator@weeds.mgh.harvard.edu
  224.     ACEDB (Caenorhabditis elegans)    rd@mrc-lmba.cam.ac.uk and
  225.                         mieg@kaa.cnrs-mop.fr
  226.     Brookhaven                pdb@chm.chm.bnl.gov
  227.     DDBJ enquiries            ddbj@ddbj.nig.ac.jp
  228.          data submissions        ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp
  229.          updates, publication notices    ddbjupdt@ddbj.nig.ac.jp
  230.     EDEX and JARS (Forest Ecology)    goforest@gopher.yale.edu
  231.     EMBL problems, feedback        nethelp@embl-heidelberg.de
  232.      software submissions, queries    software@embl-heidelberg.de
  233.          Data Library enquiries        datalib@embl-heidelberg.de
  234.          Data Library submissions    datasubs@embl-heidelberg.de
  235.     FlyBase (Drosophila)        flybase@morgan.harvard.edu
  236.     Inst. of Forest Genetics DB (IFGDB) ifgdb@s27w007.pswfs.gov
  237. ||  GDB                    help@gdb.org
  238.     GenBank enquiries            info@ncbi.nlm.nih.gov
  239. ||    data submissions        gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
  240.     updates, publication notices    update@ncbi.nlm.nih.gov
  241. ||    Entrez questions        entrez@ncbi.nlm.nih.gov
  242. ||    BLAST Email server        blast@ncbi.nlm.nih.gov
  243. ||    RETRIEVE Email server        retrieve@ncbi.nlm.nih.gov
  244. ||    EST reports Email server    est_report@ncbi.nlm.nih.gov
  245.     Microbial Strains Data Net. (MSDN)  msdn@bdt.ftpt.br and msdn@phx.cam.ac.uk
  246.     NCBI                repository@ncbi.nlm.nih.gov
  247.     PIR                    fileserv@nbrf.georgetown.edu
  248.     SWISS-PROT                bairoch@cmu.unige.ch
  249.  
  250.     LiMB, the Listing of Molecular Biology databases (Keen et al. 1992)
  251.     describes most of these databases, and many more, including the names,
  252.     regular mail addresses and telephone numbers of their keepers.  To get
  253.     the current version of LiMB by e-mail, send the text "limb-data" to
  254.     bioserve@life.lanl.gov.  For information only, send "limb-info".  LiMB
  255.     is available in hardcopy or on floppy disk:  contact limb@life.lanl.gov. 
  256.  
  257.  
  258. -*- 3.4.2. Search Engines
  259.  
  260.  |  Help files can be obtained from any of the GenBank e-mail servers listed
  261.  |  in the previous section by sending the word "help" in the Subject line
  262.  |  or body of an e-mail message to the server in question.
  263.  
  264.     The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) supports various types
  265.     of searches via e-mail.  For more information, send the text "help" in
  266.     e-mail to any one of these servers:
  267.  
  268.     EMBL File Server        NetServ@EMBL-Heidelberg.DE
  269.         FASTA                FASTA@EMBL-Heidelberg.DE
  270.     Quicksearch             Quick@EMBL-Heidelberg.DE
  271.         Swiss-Prot MPsrch        Blitz@EMBL-Heidelberg.DE
  272.  
  273.     The BLOCKS database can be searched via e-mail.  For a help file, send
  274.     a blank e-mail message to blocks@howard.fhcrc.org, with the word "help"
  275.     in the Subject line.
  276.  
  277.  |  The GenMark e-mail sequence search engine was updated in the summer of
  278.  |  1993.  For instructions and new feature descriptions, send e-mail to
  279.  |  genmark@ford.gatech.edu with the word "instructions" in the Subject line
  280.  |  or body of the letter.  Or contact M. Borodovsky <mb56@prism.gatech.edu>
  281.  |  or J. McIninch <gt1619a@prism.gatech.edu>.
  282.  
  283.  |  See also Henikoff (1993).
  284.  
  285.     The Sequence Retrival System (SRS) program for VAX VMS computer systems
  286.     is available via anonymous FTP on the EMBnet node biomed.uio.no (Norway)
  287.     or genetics.upenn.edu (USA).
  288.  
  289.     Three U.S. herbaria now provide e-mail search support of:
  290.  
  291.     Type specimens of the mint family from the Harvard Herbaria,
  292.     comprising 1100 records.
  293.  
  294.     The complete herbarium catalog of Michigan State University,
  295.     Kellog Biological Station Herbarium, an NSF LTER site, consisting
  296.     of 6000 specimen records.
  297.  
  298.     The Flora of Mt. Kinabalu;  16,300 specimen records of all vascular
  299.     plant collections from the mountain.
  300.  
  301.     E-mail addresses for sending queries are:
  302.  
  303.           Harvard Mint Types:    herbdata@huh.harvard.edu
  304.           Kellogg Herbarium:     herbdata%kbs.decnet@clvax1.cl.msu.edu
  305.           Flora of Mt. Kinabalu: herbdata@herbarium.bpp.msu.edu
  306.  
  307.     Send the message "help" to receive a usage guide, and if you think
  308.     there might be difficulties with your return address, send that as
  309.     well by adding a line with the text "replyaddress=" followed by your
  310.     prefered e-mail address.
  311.  
  312.     Anyone who does a lot of field work will appreciate the Geographic Name
  313.     Server, which can provide the latitude and longitude, and the elevation
  314.     of most places in the United States:  all cities and counties are covered,
  315.     as well as some national parks and some geographical features (mountains,
  316.     rivers, lakes, etc.).  Telnet to martini.eecs.umich.edu, port 3000 (no
  317.     username needed) and type "help" for instructions.
  318.  
  319.  
  320. -*- 3.5. List of Archives
  321.  
  322.     Computer sites supporting some sort of public access, and of some
  323.     interest to biologists are listed here, together with means of access.
  324.  
  325.     e - e-mail file requests (see notes this section for e-mail addresses). 
  326.     E - e-mail search requests (see notes this section).
  327.     f - anonymous FTP (see section 3.6.3, Anonymous FTP by E-mail, if you
  328.     cannot use FTP).
  329.     g - gopher server
  330.     G - gopher server plus WAIS index searches
  331.     t - public telnet access
  332.     T - public telnet access plus e-mail returns of search results
  333.     W - WAIS server plus WAIS index searches
  334.  
  335.     Internet node name            Topic/Agency        Access method
  336.     -------------------------------------------------------------------------
  337.     ftp.bio.indiana.edu (IN USA)    IUBIO Genbank, FlyBase     fG
  338.     ncbi.nlm.nih.gov (MD USA)        NCBI             f
  339.     ftp.embl-heidelberg.de (Germany)    EMBL Data Library    Efg 
  340.     coli.polytechnique.fr (France)    EMBLnet              G
  341.     ftp.bchs.uh.edu (TX USA)        Genbank, PIR          fG
  342.     helix.nih.gov (MD USA)        Genbank, PDB, PIR etc.      G
  343.     ncifcrf.gov    (MD USA)        Biol. Information Theory f
  344.     finsun.csc.fi (Finland)        Prosite, Rebase-Enzyme      G
  345.     pdb.pdb.bnl.gov (NY USA)        Protein Data Bank      G
  346.     ftp.tigr.org            Inst. for Genomic Rsch.     f
  347.     golgi.harvard.edu (MA USA)                     f
  348.     megasun.bch.umontreal.ca        Molecular evolution      G
  349.     nic.funet.fi (Finland)
  350.     gopher.csc.fi (Finland)
  351.     nic.switch.ch (Switzerland)        EMBnet             fG W    [10]
  352.     rdp.life.uiuc.edu            Ribosomal DB Project     f
  353.  
  354.     world.std.com            A major entry-point     fG
  355.     sunsite.unc.edu (NC USA)        Many subjects         EfGt    [4]
  356.     gopher.ciesin.org            Earth Sciences          G
  357.     locus.nalusda.go (USA)        Nat. Agri. Library      G
  358.     s27w007.pswfs.gov (USA)        Forest Genetics          G
  359.     biomed.uio.no (Norway)        Genome data           T    
  360.     gopher.embnet.unibas.ch (Switzer.)
  361.     biox.embnet.unibas.ch (Switzerland)    Genome data          G
  362. ||  gopher.gdb.org (MD USA)        GDB Genome Data Bank      G
  363.     weeds.mgh.harvard.edu (MA USA)    Arabidopsis, C. elegans      G
  364.     mendel.agron.iastate.edu (IA USA)    Soy genome          G
  365.     greengenes.cit.cornell.edu (NY USA)    Triticeae genome      G
  366.     teosinte.agron.missouri.edu    (USA)    Maize genome          G
  367.     gopher.duke.edu (NC USA)        Chlamydomonas          G    [2]
  368.     picea.cfnr.colostate.edu (CO USA)                 f
  369.     poplar1.cfr.washington.edu (WA USA)    Populus genetics     f
  370.     esusda.gov (USA)            USDA Extension Service      G
  371.     infoserver.ciesin.org        CIESIN Global Change      G
  372.  
  373.     mobot.org (MO USA)            Missouri Bot. Garden     f
  374.     life.anu.edu.au (Australia)        Bioinformatics         fG
  375.     igc.org (CA USA)            EcoNet             f
  376.     gopher.yale.edu (CT USA)         Ecol. Data EXchange      g
  377.     lternet.edu (WA USA)        LTERnet              G
  378.     spider.ento.csiro.au (Australia)    Entomology         f
  379.     gopher.uth.tmc.edu (port 3300)      Physiology          G
  380.     envirolink.hss.cmu.edu (DE USA)    Environment          GT    [6]
  381.     ecosys.drdr.virginia.edu (VA USA)    Ecosystems          GT
  382.     sparc.ecology.uga.edu (GA USA)    Ecology, Coweeta LTER      G
  383.     ngdc1.ngdc.noaa.gov (USA)        Paleoclimatology     f    [1]
  384.     huh.harvard.edu (MA USA)        Harvard Univ. Herbaria     fG
  385.     simsc.si.edu (DC USA)        Smithsonian Inst.     f    [3]
  386.     ucmp1.berkeley.edu (CA USA)        Vertebrate museum      G
  387.     bdt.ftpt.br (Brazil)        Biodiversity         fG
  388.     coli.polytechnique.fr (France)    Molecular evolution      G
  389.     fconvx.ncifcrf.gov (MD USA)        Mathematical Biology     f
  390.     cheops.anu.edu.au            Radiocarbon Abstracts     fG W
  391.  
  392.     bluehen.ags.udel.edu (DE USA)    Entomology          G
  393.     minerva.forestry.umn.edu (MN USA)    Forestry          G
  394.     ucsbuxa.ucsb.edu (CA USA)        Biology              G
  395.     evolution.genetics.washington.edu    Evolution         f
  396.     evolution.bchs.uh.edu (TX USA)    Evolution         f
  397.  
  398.     martini.eecs.umich.edu (MI USA)    Geographic Name Server       t    [7]
  399.     wigeo.wu-wien.ac.at    (Austria)    Geography          G
  400.     geogopher.ucdavis.edu (CA USA)    Geology              G
  401.     isdres.er.usgs.gov (VA USA)        US Geological Survey     f
  402.     pippin.memst.edu            CERI Earthquake Center      G
  403.     cdiac.esd.ornl.gov            CDIAC             f
  404.     saturn.soils.umn.edu (MN USA)    Geology              G
  405.     kiawe.soest.hawaii.edu (HA USA)    Generic Mapping Tools     f
  406.     tycho.usno.navy.mil            U.S. Naval Observatory       t    [8]
  407.     nssdca.gsfc.nasa.gov        NSSDC On-Line Service       t    [9]
  408.  
  409.     granta.uchicago.edu (IL USA)     Physics Resources      G
  410.     xyz.lanl.gov (NM USA)        LANL Nonlinear Science       G
  411.     mentor.lanl.gov (NM USA)        LANL Physics           G
  412.     info.mcs.anl.gov (IL USA)        Argonne National Lab.     f
  413.  
  414.     stis.nsf.gov (DC USA)        Nat. Science Foundation     fG
  415.     rtfm.mit.edu (MA USA)        Usenet FAQ repository    ef    [5]
  416.     jse.stat.ncsu.edu (NC USA)        Journal of Stat. Educ.   fG
  417.     ftp.sas.com (NC USA)                SAS-related information  f
  418.     zaphod.ncsa.uiuc.edu (IN USA)    Supercomputing         f
  419.     lupulus.ssc.gov            Young Scientists Net.     f
  420.     ksuvxa.kent.edu            Directory of lists     f
  421.     sun.soe.clarkson.edu        LaTeX tools         f
  422.  
  423.     Notes:
  424.  
  425.     1:    info@mail.ngdc.noaa.gov;
  426.     2:    chlamy@acpub.duke.edu;
  427.     3:    david@simsc.si.edu;
  428.     4:    info@sunsite.unc.edu, telnet username "swais" for WAIS seaches,
  429.     telnet username "gopher" for plain gopher access;
  430.     5:    see section 3.6.2, Anonymous FTP, and section 3.6.3, Anonymous FTP
  431.     by E-mail;
  432.     6:    Telnet username "gopher", password "envirolink";
  433.     7:    Use port 3000, no username, "help" gets instructions;
  434.     8:    Telnet username "ads".
  435.     9:    Telnet username "nodis".
  436.     10:    Anonymous FTP from within Switzerland only.
  437.  
  438.  
  439. -*- 3.6. Access Tools
  440.  
  441.     All Internet tools share the quirk that they are actually three things: 
  442.     a "server" or "daemon" program that runs all the time on a host computer
  443.     and accepts requests to connect over the Internet, a "client" program that
  444.     people use to connect to or access these servers, and a standard protocol
  445.     that allows many different versions of clients and servers to talk to one
  446.     another without difficulty. 
  447.  
  448.     Most of the recently published books about the Internet describe these
  449.     tools in detail.  Kehoe (1992), the first to appear, was offered first
  450.     in a free electronic version over the Internet;  it is still available
  451.     from many anonymous FTP archives around the world, in a directory named
  452.     something like pub/zen/.  Krol (1992) has received excellent reviews. 
  453.     See the bibliography for other books. 
  454.  
  455.     A new item:  the EARN Association has published a Guide to Network 
  456.     Resource Tools (May 3, 1993), which is available via e-mail from 
  457.     listserv@EARNCC.bitnet, by sending the message "get nettools ps" for
  458.     a PostScript version or "get nettools memo" for a plain text version.
  459.     The guide covers almost every tool mentioned here, including example.
  460.  
  461.     A few host computers mentioned in this guide allow the public to telnet
  462.     to the host, and then use the host computer to access servers via gopher,
  463.     WAIS or the Web.  These arrangements are offered as a courtesy to those
  464.     people who do not have the necessary client software on their own
  465.     computers, and want to try these tools before going to the trouble of
  466.     installing the client software themselves.  Although licensing has been
  467.     discussed for some of these tools (namely, certain versions of gopher),
  468.     at present they are all free, and several are explicitly in the public
  469.     domain or carry free GNU licenses.
  470.  
  471.  
  472. -*- 3.6.1. Telnet
  473.  
  474.     Telnet allows someone using a computer with full Internet access to access
  475.     another computer over the Internet and login there, assuming he or she has
  476.     login privileges on that computer as well.  Anonymous telnet sessions are
  477.     generally not permitted, but occasionally usernames are created with
  478.     restricted privileges, for use by the Internet public.  Several of these
  479.     are listed in section 3.5, List of Archives, and in Yanoff (1993).
  480.  
  481.  
  482. -*- 3.6.2. Anonymous FTP
  483.  
  484.     FTP stands for file transfer protocol, and is the name of a program used
  485.     for file transfers between computers with full Internet access, assuming
  486.     you have privileges on both the local and remote computers.  Anonymous FTP
  487.     is a common practice whereby anyone on the Internet may transfer files from
  488.     (and sometimes to) a remote system with the userid "anonymous" and an
  489.     arbitrary password.  By convention, anonymous FTP users provide their
  490.     e-mail addresses when asked for a password.  This is useful to those
  491.     archive managers who must justify to their bosses the time spent providing
  492.     this free (but not cheap) service.  Some sites restrict when transfers may
  493.     be made from their archives, and most prefer that large transfers be made
  494.     only during off-hours (relative to that site).
  495.  
  496.     To receive a short guide to using anonymous FTP, send e-mail with the
  497.     text "help" to info@sunsite.unc.edu.
  498.  
  499.  
  500. -*- 3.6.3. Anonymous FTP by E-mail
  501.  
  502.     Bitnet does not support telnet or FTP sessions, but many Bitnet nodes are
  503.     also full Internet sites, and so do support telnet and FTP.  For those
  504.     who only have access to computers on Bitnet, Princeton University offers
  505.     a file transfer service by e-mail.  Bitftp@PUCC.bitnet will send a help
  506.     file in response to the message "help".  There is an identical server in
  507.     Germany:  Bitftp@DEARN from within Bitnet/EARN or bitftp@vm.gmd.de from
  508.     the Internet.  This server should be used only for FTP requests involving
  509.     transfers within Europe.  If you have neither full Internet access nor an
  510.     account on a Bitnet node, you can still get files from anonymous FTP
  511.     archives by e-mail courtesy of ftpmail@decwrl.dec.com, which will send
  512.     instructions in response to the word "help" followed by "quit" on separate
  513.     lines of an e-mail message.
  514.  
  515.     Also, you can retrieve formal Usenet FAQs via e-mail from the Usenet FAQ
  516.     repository, rtfm.mit.edu:  to get a help file, a list of all the FAQs
  517.     stored there, and the latest version of this guide, send e-mail to
  518.     mail-server@rtfm.mit.edu with the text
  519.  
  520.         help
  521.         index
  522.         send usenet/news.answers/biology/guide
  523.  
  524.  
  525. -*- 3.6.4. Gopher
  526.  
  527.     Gopher is a user-interface program that makes FTP and other types of
  528.     connections for computer users when they select an item in a menu.  It
  529.     is an easy way to get stuff off the Internet without having to know
  530.     where the stuff lives.  Gopher is free, and there are nice versions
  531.     for most types of computers, especially Unix workstations and Macs. 
  532.     It was invented at the University of Minnesota;  current versions can
  533.     be retrieved via anonymous FTP from boombox.micro.umn.edu.  The name
  534.     is a clever pun on the "go-for" person who runs errands for people,
  535.     and on the burrowing rodent, which pops down a "hole" in the Internet
  536.     and comes back up who-knows-where.  Bionet.general, bionet.software,
  537.     and bionet.users.addresses are good places to learn more about biology-
  538.     related gopher services.  Comp.infosystems.gopher is the newsgroup
  539.     for gopher-related issues in general.  The FAQ for this group is stored
  540.     on rtfm.mit.edu in the file pub/usenet/news.answers/gopher-faq.
  541.     There is an entire chapter on gopher in Krol (1992).
  542.  
  543.  
  544. -*- 3.6.5. Archie
  545.  
  546.     Archie helps people locate items (documents, software, etc.) in thousands
  547.     of anonymous FTP archives around the world.  Archie clients for many types
  548.     of computer, and documentation, can be retrieved via anonymous FTP from
  549.     any archie server (see below) in the /pub/archie/doc/ directory, or by
  550.     e-mail from archie-admin@ans.net.
  551.  
  552.     Archie can be used via e-mail, by sending e-mail with a list of commands
  553.     to archie@ans.net.  For details, send the command "help".  Due to the very
  554.     high demand for this service, requests should be made via e-mail or clients
  555.     rather than telnet-ing to an archie server.  Please try to use archie only
  556.     outside of working hours, make your query as specific as possible, and use
  557.     the archie server nearest you:  archie.au in Australia; archie.funet.fi in
  558.     Finland; archie.th-darmstadt.de in Germany; archie.doc.ic.ac.uk in Great
  559.     Britain; archie.cs.huji.ac.il in Israel; archie.kuis.kyoto-u.ac.jp and
  560.     archie.wide.ad.jp in Japan; archie.sogang.ac.kr in Korea; archie.nz in
  561.     New Zealand; archie.luth.se in Sweden; archie.ncu.edu.tw in Taiwan;
  562.     archie.ans.net, archie.rutgers.edu, archie.sura.net and archie.unl.net
  563.     in the United States.
  564.  
  565.  
  566. -*- 3.6.6. Veronica
  567.  
  568.     Veronica is a very easy rodent-oriented net-wide index to computerized
  569.     archives.  Veronica's name is a play on the concepts of both gopher and
  570.     archie.  (Remember the comic book couple Archie and Veronica?  Veronica
  571.     does for gopher what archie does for anonymous FTP.)  Veronica searches
  572.     through hundreds of gopher holes looking for anything that matches a
  573.     keyword supplied by the user, and assembles a list of gopher servers that
  574.     contain items of interest.  Note:  veronica checks *titles* of gopher
  575.     items only, not their contents.
  576.  
  577.     There is a veronica database specifically for biology resources in the
  578. ||  gopher server on gopher.gdb.org, under menu item "Search Databases
  579.     at Hopkins...".  Its name is BOING, or Bio Oriented INternet Gophers.
  580.  
  581.     At present, there are no veronica clients;  veronica is a gopher tool.
  582.     An informal veronica FAQ is posted regularly in comp.infosystems.gopher
  583.     and archived on veronica.scs.unr.edu as veronica/veronica-faq.
  584.  
  585.  
  586. -*- 3.6.7. Wide Area Information Servers (WAIS)
  587.  
  588.     The idea behind WAIS is to make anonymous FTP archives more accessible
  589.     by indexing their contents for easy searching and browsing.  The client's
  590.     user interface is simple, but the concept is so powerful that nearly
  591.     everyone with an anonymous FTP archive has spent part of 1992 and 1993
  592.     building WAIS indices of all available material (software, data, documents
  593.     and other information).  In the course of all this effort an enormous
  594.     amount of information that has been available for years or even decades
  595.     has suddenly become publicly available for the first time all in the past
  596.     year.  WAIS servers are often used as back-end engines for gopher servers.
  597.     Gopher archives are built by hand, but WAIS bundles and organizes related
  598.     items automatically, and thus greatly extends the functionality of gopher.
  599.  
  600.     Good WAIS client programs for the Mac (WAIStation) and PC (PCWAIS) are
  601.     available on the anonymous FTP archive at think.com.  If your computer
  602.     has full Internet access, you can try out WAIS on a Unix system, courtesy
  603.     of Thinking Machines Corp., by telnetting to quake.think.com.  Use the
  604.     username "wais" and give your e-mail address as the password.  See the
  605.     newsgroup comp.infosystems.wais for more details, or see the WAIS FAQ
  606.     (section 4, Useful and Important FAQs).
  607.  
  608.  
  609. -*- 3.6.8. World-Wide Web (WWW)
  610.  
  611.     WWW is yet another tool for gathering useful information from the Internet.
  612.     It was invented at the European Particle Physics Laboratory (CERN),
  613.     Switzerland.  WWW looks like a document that users can open and read, but
  614.     selecting certain words via mouse or keyboard causes other documents to be
  615.     retrieved and opened for inspection.  The most powerful aspect of WWW at
  616.     present is the ease with which seamless, attractive on-line documentation
  617.     can be created, that is easy to find and browse, no matter where on the
  618.     Internet the actual documents are.  You can try WWW, courtesy of CERN: 
  619.     telnet to info.cern.ch (no username needed). 
  620.  
  621. -- 
  622.     Una Smith
  623.  
  624. Yale University, Department of Biology, Osborn Memorial Laboratories,
  625. PO Box 6666, New Haven, Connecticut  06511-8155     smith-una@yale.edu
  626.  
  627.